Não, o sistema não possui a opção de preencher um desconto na aba de pagamento.
Ao momento de criar o pedido balcão, ou seja, que são criados manualmente para o gerenciamento a traves do sistema, deve-se fazer o cálculo do desconto antes e pôr o valor ao preencher os dados do pedido.
Porém, uma opção que poderia utilizar é montar um texto no campo de anotações para detalhar que esse pedido teve um desconto no momento da venda: