Posso mudar a quantidade de estoque direto no Anúncio mesmo estando com o módulo de Estoque ativo?

Alterando o estoque diretamente no Anúncio (pelo sistema ou pelo Mercado Livre), ele deixará de considerar as unidades do Produto associado e irá considerar apenas a atualização feita.
Não existirá registro de alteração no Produto na tela Produtos > Gerenciar Estoque.

As unidades só voltarão a considerar o Produto novamente quando fizer uma nova movimentação ou se ocorrer um novo Pedido.