Posso retirar o valor do Frete usando o faturador Mercado Livre?

Usando o faturador do Mercado Livre ainda não é possível fazer essa configuração de retirar o valor do Frete nas Notas Fiscais. 

Essa configuração não permitida a ser feita tanto no sistema quanto no próprio Mercado Livre. Isso ocorre pois é uma política interna do marketplace. 

"Ao emitir a nota fiscal ao usuário comprador, o usuário vendedor deverá incluir, além do preço do produto, os custos do frete informados pelo Mercado Envios, exceto se for a opção Frete Grátis." 

Você pode conferir as políticas internas de envio pelo artigo: Termos e condições do Mercado Envios

Esses ajustes são permitidos usando um ERP, pois neles é possível manusear e modificar algumas informações da Nota, o faturador do Mercado Livre ainda não tem essas opções, a Nota é gerada por eles e nós recebemos a informação pronta, padrão de acordo com o que eles determinam.