Posso exportar pedido ao invés de Notas Fiscais para o meu ERP nos meus envios Mercado Coletas?

Não. Quando você seleciona a impressão da etiqueta Mercado Coleta, o sistema faz uma consulta no pedido e se estiver com o registro de exportação de pedido ao invés de nota, não conseguirá ler os dados. Desta forma, entenderá que a Nfe não existe e a etiqueta não será liberada para impressão.