Tenho mais de uma conta, tenho que configurar as Mensagens/E-mails em cada uma delas ou somente na conta pai?

Sim, a configuração é necessária para cada uma delas.

Acesse a tela Configuração > Pedidos > Editar E-mails e Mensagens e na parte superior da tela, no campo “Conta” você poderá selecionar as contas filhas que irá configurar as Mensagens/E-mails.